楚雄州卫生健康综合监督执法局内设办公室、稽查科、公共卫生监督科、医疗卫生监督科、职业卫生监督科、计划生育监督科6个科室。

办公室职责：主要负责局党支部、行政的日常事务工作。负责拟订并组织落实党建、党风廉政、意识形态、纪检监察、行政工作规划、计划；负责单位财务、人事、资产、保密、安全生产、综治维稳、档案管理、新闻宣传、车辆管理、物资采购、精神文明建设、乡村振兴、退休人员管理等工作。完成局领导交办的其他工作。

稽查科职责：主要负责拟定并组织实施全州卫生监督稽查工作规划和年度计划，对全州卫生监督稽查业务进行指导；对本单位行政处罚合法性、规范性的审查工作；负责群众来信来访、举报、投诉案件的受理工作；负责组织卫生健康法律法规宣传、咨询，卫生监督执法人员的法律法规及专业知识培训，监督队伍行风建设工作及监督员行为规范管理；牵头实施“双随机 一公开”工作；组织开展全州卫生行政处罚案件的评查，规范全州卫生行政处罚行为等工作。完成局领导交办的其他工作。

公共卫生监督科职责：主要负责公共场所、生活饮用水、涉水产品、学校卫生、公共场所艾滋病防治、食品安全企业标准备案等相关法律法规及文件的贯彻落实，并组织开展卫生监督执法工作；负责相关法律、法规的宣传教育和培训工作；受州卫健委委托对涉水产品生产企业卫生许可申报开展现场审核；对餐饮具集中消毒服务单位开展卫生监督执法等工作。完成局领导交办的其他工作。

医疗卫生监督科职责：主要负责医疗卫生、传染病防治、采供血、消毒产品管理等相关法律法规及文件的贯彻落实，并组织开展卫生监督执法工作；负责相关法律、法规的宣传教育和培训工作；受州卫健委委托对医疗机构、消毒产品等许可申报开展现场审核；负责消毒产品卫生安全评价报告备案等工作。完成局领导交办的其他工作。

职业卫生监督科职责：主要负责职业卫生、放射卫生等相关法律法规及文件的贯彻落实，并组织开展卫生监督执法工作；负责对州卫健委委托的放射诊疗许可及放射诊疗建设项目卫生审核开展现场审核；负责相关法律、法规的宣传教育和培训等工作。完成局领导交办的其他工作。

计划生育监督科职责：主要负责妇幼健康相关法律法规及文件的贯彻落实，并组织开展卫生监督执法工作；开展打击妇幼健康“两非”行为；负责相关法律、法规的宣传教育和培训等工作。完成局领导交办的其他工作。